ローカルM&Aマガジン

M&Aの準備金が積み立てできる!―― 「中小企業事業再編投資損失準備金」制度改革を徹底解説

投稿日:2025年9月22日

[著]:小川 潤也

経営力向上計画の認定を受けた中小企業が、計画にもとづいてM&Aを実施した際に活用できる「中小企業事業再編投資損失準備金制度」。

2024年度の税制改正で、「新たに成長意欲のある中小企業によるM&Aを後押しするため」という目的で、この制度が見直されました。この制度は2027年3月31日まで期間限定です。

本記事では、この制度の基礎知識とどのように改正されたのかをわかりやすく解説します。

そもそも「中小企業事業再編投資損失準備金」とは?

この制度の大きなメリットは、経営力向上計画の認定を受ければ、M&Aの準備金を積み立てられるという点です。

株式譲渡であれば、この制度を活用すれば「経営力向上計画」にそってM&Aを実施すれば、投資額の70%以下の金額を準備金として積み立てることができます。

この積立金額は損金に参入されますが、5年経過後は均等に5年間で準備金を取り崩し、毎年益金に算入されます。また、減損や株式売却等を行ったりして、取崩要件に該当した場合は、準備金を取り崩して益金に算入することになります。

ただし、「経営力向上計画」は、事業継承等事前調査に関する事項を記載して申請し、主務大臣(所管省庁)から認定を受ける必要があります。また、M&A最終合意後には、主務大臣に報告し、確認書を発行しなければなりません。

基本的には株式譲渡の場合が対象となりますが、事業譲渡・合併・分割によるM&Aについても、登録免許税・不動産取得税の軽減措置もそれぞれの要件を満たす場合に活用可能となるので、詳しくは専門家に相談してみるといいでしょう。

参考:中小企業庁「M&A支援制度のお知らせ」
https://www.chusho.meti.go.jp/keiei/kyoka/shigenshuyaku_zeisei/leaflet.pdf

「中小企業事業再編投資損失準備金制度」のメリットは?

M&Aによる投資額の70%までを準備金として積み立てられ、その全額を損金に参入できることから、経費が増えた分だけ利益が減り、M&Aを実施した事業年度の税負担を軽減することができます。

M&A実施時は一時的にキャッシュアウトが大きくなりますから、この制度を活用することで課税が繰り延べられれば、M&Aによる資金繰りへの影響を抑えられる可能性があります。

ただし、5年目以降は5年をかけて均等額で準備金を取り崩すので、最終的に負担する税負担を抑えられるわけではないことには注意してください。

ほか、制度の適用を受けるときには「事業承継等事前調査チェックシート」に基づき、事前調査を実施する予定か確認が行われます。

このシートを活用することで、M&Aにおける粉飾決済や簿外債務などの発生リスクを抑えることにつながります。また、準備金を積み立てることで、不測の事態にも備えられるでしょう。

参考:中小企業庁
https://www.chusho.meti.go.jp/keiei/kyoka/ninteisinseisyo/09_check_tebiki.pdf

気になる改正内容は?

2024年度の税制改正において、新たに成長意欲のある中小企業によるM&Aを後押しするため、この中小企業事業再編投資損失準備金制度の拡充・延長が決定しました。

現行の制度では、「経営力向上計画の認定を受けた中小企業」だけが対象となっていました。それが改正後は、「特別事業再編計画の認定を受けた中堅・中小企業」にまで対象が拡大します。

「特別事業再編計画」の認定を受けるためには、基本合意後などM&Aの相手が決まったタイミングで、経済産業庁で公開している申請書類を提出する必要があります。詳しくは下記を参照してください。

参考:経済産業庁
https://www.meti.go.jp/policy/jigyou_saisei/kyousouryoku_kyouka/saihen_2.html

また、積立率と措置期間も変わります。現行の制度では、「措置期間が5年以内に、株式取得評価額の70%の準備金が償却できる」という内容でしたが、今回の改正によって措置期間は「10年期限」と延長され、かつ、1回目のM&Aでは株式取得価額の90%、2回目以降のM&Aでは株式取得評価額の100%を準備金として積み立てた場合、その金額を損金参入できるとされました。

つまり、償却期間が5年から10年へと延長されたこと、準備金の100%を損金として参入できること、の2点が大きな違いとなります。

ただし、取得価額10億円以下のM&Aを実施する場合に限るので、この点は注意が必要です。

まとめ

今回の改正による拡充・延長の措置は、適用期限が2026年度末(2027年3月31日)と定められています。

利用するためにはさまざまな要件はあるものの、活用すれば課税を繰延できるというのは大きなメリットといえますから、興味があるかたは専門家に相談してみることをおすすめします。

著者

小川 潤也

株式会社絆コーポレーション
代表取締役

1975年新潟県新潟市(旧巻町)生まれ。株式会社絆コーポレーション代表取締役社長。大学卒業後、株式会社富士銀行(現・みずほ銀行)入行。法人担当として融資、事業再生、M&Aなどの総合金融サービスを手がける。2004年、医療介護の人材サービスを手がける株式会社ケアスタッフの代表取締役に就任。また銀行勤務時代に培った新規取引先の開拓やM&Aでの経験を生かし、地方都市の後継者不在、事業承継ニーズに応えるべく、株式会社絆コーポレーションを設立。M&Aアドバイザリー事業、スペシャリストの人材紹介事業を展開。著書に『継がない子、残したい親のM&A戦略』(幻冬舎)がある。
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